Metodologija se temelji na dva ključna pristupa. Glavni problem nije u nedovoljnom ili neodgovarajućem zakonodavstvu i/ili institucionalnim ustroijma, nego u vrlo slaboj provedbi i nedostatku proračunskih sredstava (stavki) zatvorskom sustavu. Stoga se aktivnosti usmjeravaju na ciljeve:

Ustanovljavanja stvarne situacije putem istraživanja koja se sastoje od ustanovljavanja pojavnosti određenog tipa problema, koji se pojavljuju među instancama zatvorskog sustava.

Posjeta zatvorima, u kojima članovi stručnih timova HHO-a posjećuju kaznionice.

Praktičnih preporuka odgovarajućim tijelima vlasti, uključujući i bližu koordinaciju između Ministarstva pravosuđa, MZOŠ, MZSS, i MINGORP.

Razvoja praktičnih alata za poboljšanje (izobrazba/osposobljavanje, priručnici).

Pažljivog praćenja provedbe i daljnjih pritisaka ili suradnje.